1874年，“胡慶余堂雪記國藥號”籌建處設立，創始人胡光墉，字雪巖（1823—1885）。

1878年，胡慶余堂雪記藥號店堂在杭州大井巷落成，正式開始營業。聘請翁寶珊為第一任經理。下設總務、丸散、飲片、制丹丸粗料，切藥片子，煉揀藥，膠廠原料，原藥儲藏庫，原藥儲藏倉庫部，原細藥儲存倉庫等10個部。

1911年，浙江省軍政府沒收了滿族官僚在浙江的財產時，胡慶余堂也被沒收，登報標賣。至此，胡慶余堂由獨資經營變為了合伙經營。

1955年，中央衛生部蘇聯專家季里揚諾來胡慶余堂參觀。

1958年7月，杭州胡慶余堂與杭州葉種德堂（建于1800年）合并新成立“公私合營杭州胡慶余堂制劑廠”，隸屬市商業局領導。

1960年1月，公私合營杭州胡慶余堂制劑廠更名為“公私合營胡慶余堂制藥廠”，劃為省屬企業隸屬省衛生廳領導。

公私合營胡慶余堂制藥廠中藥專業學校成立，面向社會招生。1961年秋并入杭州衛生?？茖W校。公私合營胡慶余堂制藥廠腰痛片，全鹿片被批準為中成藥出口產品。

1966年,公私合營胡慶余堂制藥廠更名為“杭州中藥廠”。

1972年，杭州市化工局決定，將杭州中藥廠更名為杭州第一中藥廠，杭州中藥廠的制膠車間劃出成立杭州第二中藥廠。

1978年千里光片獲得1978年全國醫藥衛生科學大會獎。菊花冠心片獲得浙江省科技成果三等獎。

6月，山茶子油膠丸、澤瀉降脂片，分別獲得浙江省1979年科技成果三等獎。復方抗結核片獲得浙江省1979年科技成果二等獎。安宮牛黃丸獲得浙江省1979年醫藥優質產品稱號。

4月21日，廠名恢復為“杭州胡慶余堂制藥廠”。

1979年冠心蘇合丸車間5500m2基建項目開工。8月25日，杭州胡慶余堂制藥廠冠心蘇合丸大樓土建竣工。

1980年7月15日，經市醫藥局批準恢復胡慶余堂門市部。

9月代市長周峰，省醫藥局副局長賴光興，市醫藥局局長宋汝鏡出席了開幕儀式。著名書法家沙孟海為廠名題字。香葵油栓、香葵油膠丸，獲得杭州市1980年科技成果一等獎。古醫牌腰痛片獲得浙江省1980年優質產品。香葵油栓膠丸，被評為浙江省1980年科技成果二等獎。

8月6日，浙江省醫藥公司進行八個中成藥品種的全省質量評比；石斛夜光丸，牛黃解毒片被評為第一名。

8月，浙江省委第一書記鐵瑛在杭州市副市長趙玉溫陪同下視察杭州胡慶余堂制藥廠。

10月，杭州市人民政府批準，杭州胡慶余堂制藥廠門市部古建筑列為杭州市級文物保護單位。

12月，腰痛片被評為1981年國家醫藥局優質產品。

人參抗癌片獲得浙江省1981年科技成果三等獎。

復方抗結核片被評為1981年浙江省優質產品。

健兒膏、健血沖劑獲得杭州市1981年優秀科技成果三等獎。

4月，杭州市委第一書記陳安羽，浙江省建設委員會副書記，視察杭州胡慶余堂制藥廠。

8月23日，在浙江省醫藥公司中成藥品種質量評比中，六味地黃丸被評為第一名。是月，香葵油膠丸，獲得1982年國家醫藥局科技成果三等獎。骨刺片，獲得浙江省1982年度優質產品稱號。

4月16日，凌晨一時許，杭州胡慶余堂制藥廠經濟民警夏江虹、陳順法同志為保衛國家財產在與盜竊行兇犯的爭斗中，光榮犧牲。

18日，國家醫藥管理局副局長高惠如視察杭州胡慶余堂制藥廠，并到夏江虹、陳順法的家中慰問。

25日浙江省人民政府授于夏江虹、陳順法倆同志為革命烈士光榮稱號。

5月28日，杭州醫藥局發出了向夏江虹、陳順法倆烈士學習的通知。

6月4日，杭州市長鐘伯熙同志出席追悼會并講話。

連香沖劑獲得浙江省1983年科技成果四等獎。

5月31日，胡耀邦總書記為杭州胡慶余堂制藥廠建廠110周年作了“中醫中藥是門科學，門門科學都無止境”的題詞。

10月25日上午，舉行了古建筑修復后重新營業的剪彩儀式。浙江省副省長李德葆、杭州市市長鐘伯熙剪了彩。原中國藥材公司副經理王肇儀等出席了開幕儀式。

10月25日下午，在浙江省人民大會堂召開杭州胡慶余堂制藥廠建廠110周年慶祝大會。杭州市委副書記張俊生、原國家醫藥管理局副局長李曉東等領導先后講了話

11月，省委常委，杭州市委書記勵德馨視察杭州胡慶余堂制藥廠。

12月25日，古醫牌腰痛片獲1984年浙江省優質產品稱號。

益視沖劑獲得浙江省1984年科技成果四等獎。

1985年古醫牌人參口服液被評為1985年度國家醫藥管理局優質產品。五味子沖劑被評為浙江省1985年度優質產品。

12月6日，與浙江話劇團聯合舉行《江南藥王》電視片首播儀式，浙江省文化廳廳長張家賢，浙江省醫藥公司經理張承烈及浙江電視臺，電臺，各報刊的記者等70余人出席了儀式。會后試映了電視劇《江南藥王》。

12月20日，古醫牌益視沖劑被評為浙江省優質產品。

3月2日， 52名從事中藥工作30年以上的老職工，獲得浙江省醫藥總公司頒發的老藥工榮譽證書。

1987年11月10日，古醫牌骨刺片被評為浙江省優質產品。

9月16日，被杭州市人民政府授予杭州市級先進企業證書。

9月，古醫牌參參口服液在全國首屆中成藥健康杯評選中獲金杯獎、古醫牌純真珍珠粉獲銀杯獎。

10月，參參口服液獲88年度浙江省優秀“四新”產品一等獎。

11月，古醫牌人參精口服液獲國家質量銀質獎。

12月20日，古醫牌人參精口服液、被評為浙江省優質產品。

12月20古醫牌石斛夜光丸被評為浙江省優質產品及被國家質量獎審評委員會授予中華人民共和國國家質量優質獎。

9月，被省人民政府授予先進企業名冊。

10月，被評為國家二級企業。

12月20日，古醫牌參參口服液被評為浙江省優質產品。

12月，古醫牌腰痛片被評為國家中醫藥管理局優質產品。

6月12日，浙江省省長沈祖倫、杭州市市長盧文舸參觀杭州胡慶余堂制藥廠中藥博物館。

9月 “抗矽片”的研究被浙江省人民政府授予1989年度浙江省科學技術進步二等獎。

11月“抗矽片”的研究獲杭州市科學技術進步一等獎。

11月8日，浙江省委副書記劉楓參觀杭州胡慶余堂制藥廠中藥博物館。

11月30日，古醫牌杞菊地黃口服液、古醫牌五味子沖劑獲浙江省優質產品。

12月“抗矽片”的研究獲1990年度國家中醫藥管理局中醫藥科學技術進步三等獎。

4月，矽肺片參展第二屆北京國際博覽會并獲銀獎。

5月19日，中央政治局常委李瑞環參觀杭州胡慶余堂制藥廠中藥博物館。

11月30日，古醫牌羚角降血片、古醫牌牛黃解毒片獲浙江省優秀產品獎。

5月5日，中央政治局常委、國務院總理李鵬視察杭州胡慶余堂制藥廠中藥博物館。

8月15日， “胡慶余堂”被評為浙江省著名商標。

10月25日，舉辦建廠120周年和胡慶余堂中藥博物館正式開館新聞發布會。

5月10日，中央政治局常委、國務院副總理朱镕基在杭州市長王永明的陪同下參觀中藥博物館。

6月，胃復春片被授予杭州市一九九四年優秀新產品、新技術一等獎。

6月，金果飲咽喉片被授予杭州市一九九四年優秀新產品、新技術二等獎。

10月10日被省計經委列為“五個一批”重點骨干企業。

11月8日加入中國（杭州）青春寶集團公司，黨的組織關系隸屬中共中國（杭州）青春寶集團公司委員會。

12月26日加入青春寶集團正式掛牌。

12月被中華人民共和國國內貿易部授予中華老字號證書。 

4月 5日，在西湖區轉塘鎮隆重舉行杭州胡慶余堂制藥廠創始人胡雪巖墓的揭墓儀式，杭州市園文局文物處領導、董事長馮根生及以及胡雪巖的后裔共12人的出席。

6月4日胡雪巖墓列為杭州市文物保護點。

10月30日，取得浙江省著名商標。

11月2日，中共中央常委尉建行一行參觀杭州胡慶余堂制藥廠中藥博物館，董事長馮根生等作陪。

5月4日，總投資3000萬元，按GMP要求建造的浙江省重點技改工程項目，建筑面積6690平方米的綜合車間投產運行。

5月12日國家中醫藥局公布1997年度全國中成藥工業國有重點企業（五十強），我廠被列為五十強企業之一。

12月30日我廠與浙江省中醫藥研究院聯合研究的科研項目《胃復春片防治胃癌前期狀態和病變的研究》成果，通過了由浙江省中醫藥管理局組織的專家小組鑒定。

1月14日，胃復春片為98年度杭州名牌產品。

2月7日，浙江省委書記張德江參觀杭州胡慶余堂制藥廠中藥博物館。

2月8日，經杭州市政府批準，企業改制。企業股份為三大塊：國有股45%，經營者股15%，職工持股協會股40%。

6月，神香蘇合丸劑改及擴大臨床適應癥的研究獲杭州市科技進步三等獎和市經委、市科委、市財稅局優秀新產品、新技術一等獎。

7月12日，浙江省醫藥管理局、浙江省衛生廳同意杭州胡慶余堂制藥廠更名為杭州胡慶余堂藥業有限公司。

7月22日公司在提高管理水平的同時，推動技術進步，引進高新技術，增加產品技術含量和附加值，經浙江省科委、省計經委、市科委、市經委的審批，認定為省第七批區外高新技術企業。

7月26日，神香蘇合丸獲98年度杭州市優秀新產品新技術一等獎。

7月神香蘇合丸獲杭州市人民政府99年科技進步三等獎。

12月29日為第三批浙江省星級企業。

12月，胃復春片防治胃癌前期狀態和病變的研究獲浙江省科技進步三等獎。

2月，“胃復春片研究及產業化”項目被浙江省醫藥管理局評為科學進步三等獎。

2月被評為浙江省醫藥工業優秀企業。

3月10日，浙江省副省長葉榮寶、杭州市副市長丁德明一行人在浙江省藥監局局長周航的陪同下參觀中藥博物館和公司GMP 車間。

8月，胡慶余堂胃復春被認定為浙江名牌產品。

1月27 日，中央政治局常委、全國政協主席李瑞環在省委書記張德江、省長柴松岳、杭州市委書記王國平、市長仇保興的陪同下參觀胡慶余堂中藥博物館。

3月6日，“胡慶余堂”被評為浙江省著名商標

3月12日，國家工商行政管理局商標局認定“胡慶余堂”商標為馳名商標。

2003年4月上實醫藥健康產品有限公司入股杭州胡慶余堂藥業。

2003年9月，胡慶余堂胃復春被認定為浙江名牌產品。

7月被認定為高新技術企業。

9月臺灣藝人“小李飛刀”焦恩俊來胡慶余堂中藥博物館參觀并為胡慶余堂強力片做代言人。

9月胡慶余堂牌鐵皮楓斗晶被杭州市消費者協會授予“杭州市首屆消費者協會推薦商品”（2004-2006）榮譽稱號。

10月被授予浙江省行業放心消費品牌。

10月被評為浙江省行業放心消費十佳企業。

10月被評為浙江省行業誠信滿意十佳優秀企業。

2005年1月被浙江省消費者協會授予浙江省第六屆消費者信得過單位。

2005年4月上實醫藥健康產品有限公司增資，成為胡慶余堂藥業的控股股東

2006.1-2007.12    胡慶余堂牌鐵皮楓斗晶被省消費者協會評為推薦商品。

2006.9胡慶余堂牌胃復春認定為浙江名牌產品。

10月胡慶余堂牌蜂膠膠囊 被授予2006年上海保健品行業名優產品。

10月胡慶余堂牌強力片被授予2006年上海保健品行業名優產品。

10月胡慶余堂牌鐵皮楓斗晶被授予2006年上海保健品行業名優產品。

2月被授予2006年度中國誠信優秀誠信企業。  

11月被授予2007年度浙江省食品（保健食品）龍頭企業稱號。  

12月被評為2002年度-2006年度 AAA信用等級企業。

3月1日，2007年監督等級評定AA級。

12月5日，杭州市第三批食品（保健品、化妝品）安全信用優秀單位。

12月26日，評為高新技術企業（第四批）。

1月，浙江省保健食品行業誠信企業。

6月，杭州十大特色潛力行業200強。

11月9日胃復春片、復方丹參片、強力枇杷露評為2009年度浙江省醫藥制劑重點品種。

2010年，胡慶余堂藥業加入上海醫藥集團（601607SH，02607HK）

11月20日，“胡慶余堂特種郵票”首發式在吳山廣場舉行，由市政府、省郵政公司、市郵政局、胡慶余堂聯合主辦的，郵票收集了同仁堂、陳李濟、雷允上、胡慶余堂四家老字號的中藥企業。

2011年高新技術企業通過復審。

7月胡慶余堂藥業有限公司整體搬遷項目一期立項

2012年獲杭州市“和諧”勞動關系企業

7月胡慶余堂檢測中心成立

12月30日獲杭州市安全生產監督管理局的安全生產標準化三級企業（其他工程）證書。

3月16日  杭州胡慶余堂藥業有限公司整體遷擴建項目奠基儀式在余杭經濟開發區隆重舉行。上實集團總裁、上海醫藥董事長周杰，上藥集團董事長、總裁樓定波，上海醫藥集團黨委書記張震北，上海醫藥執行董事、總裁、胡慶余堂藥業董事長徐國雄，著名企業家、胡慶余堂集團董事長馮根生，正大青春寶藥業總裁、胡慶余堂藥業黨委書記馮鶴等領導參加了奠基儀式。遷建項目總投資3.09億，分二期完成。

9月29日獲高新技術企業認定

9月30日2014年度“質量月”，在技術品質部的組織下，開展了公司技術比武活動。通過員工的積極參與，經過筆試、現場中藥材鑒別和基準物質的配制比賽，有下列26位員工成績優異，分別獲得一等獎、二等獎、三等獎獎項

6月益增資產管理有限公司和杭州胡慶余堂集團有限公司簽定了股權轉讓協議，杭州胡慶余堂集團有限公司以在本公司原有股權出資，出資額為23898952元；以受讓益增資產管理有限公司在公司的股權方式出資，出資金額1594800元，合計出資25493752元。股權比例:

1. 杭州胡慶余堂集團有限公司       25493752元       47.9566%

2. 中國（杭州）青春寶集團有限公司       550956元       1.0364%

3. 運誠投資有限公司       27115292元       51.0069%

10月13日精準六西格瑪項目推進啟動，《提高胃復春片成品率》項目獲上藥集團立項

4月 “提高胃復春片成品率”項目獎2014年度精益六西格瑪三等獎

11月完成新廠區七個劑型的GMP認證

12月完成企業的整體搬遷

2月2015年度獲浙江省保健品行業誠信企業稱號

9月胃復春片被評為浙江省優秀工業產品

9月強力枇杷露、安宮牛黃丸、無比山藥丸、沉香曲被評為浙江省優秀工業產品